Takie oznaczenie skryptu jest niepoprawne w standardzie HTML5... jest to błąd ale nie powodujący jakiegokolwiek defektu.
Zresztą wystarczy w szablonie, dodać:

Kod PHP:
$docHTML = JFactory::getDocument();
$docHTML->setHtml5(true); 
By ten problem rozwiązać.

Ale zgadzam się z Tobą. W3C to tylko narzędzie mające pomóc w podniesieniu jako sci strony a wyniki powinny być interpretowane przez człowieka.
Dotyczy to każdego innego walidatora jak np. WAVE dla WCAG.