Ad.1 - zajmuję się tym
Ad.2 - Pewnie nie są odseparowane, gdyż replikowanie nastąpiło na wszystkie moje serwisy. Mam:
Public_html
katalog 1. witryny
katalog 2. witryny
...
katalog 9. witryny
Jak powinienem odseparować katalogi powiązane z różnymi domenami?

Ad3. Piszesz o monitorowaniu stron - masz na myśli jakiś automatyczny mechanizm?
W jaki sposób (ogólnie) mam monitorować np. pliki index.php

Pozdrawiam
Wieslaw