Obawiam się, że nie ma możliwości nadpisania tego szablonem :/
W takich sytuacjach robię kopię oryginalnego pliku, zmieniam nazwę i zostawiam jako archiwum w oryginalnym katalogu.
Potem modyfikuję oryginalny plik i też robię jego kopię.
W katalogu głównym zostawiam sobie plik tekstowy z informacją: ścieżka do zmienionego pliku i linia.
Po aktualizacji trzeba sprawdzić czy coś się w pliku zmieniło ewentualnie go przywrócić.
Wiem, że to nie jest rozwiązanie