Zmiana była tylko w tej linijce
Kod PHP:
       setcookie("joomla_template", $newTemplate, time()+ (86400 * 365), "/"); 

w oryginale
Kod PHP:
       setcookie("joomla_template", $newTemplate, time()+ (86400 * 365)); 
Chodzi o to aby parametr ciasteczka odnośnie ścieżki zawsze odnosił się do strony głównej. Jeżeli się go nie poda to ciasteczko z automatu wczytuje podkatalog np /dyskografia/ . Osoby które nie mają włączonego SEF pewno tego problemu wogole nie mają.